Địa bàn xã Hải Phú hiện nay trước đây vốn là hai xã Hải Trạch và Phú Trạch thuộc huyện Bố Trạch.

Ngày 13 tháng 6 năm 1986, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định số 72-HĐBT[3]. Theo đó, thành lập xã Sơn Lộc trên cơ sở thôn Cửa Lăng của xã Phú Trạch; xóm Đá, xóm Mít và xóm Cồn của xã Vạn Trạch.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, xã Phú Trạch còn lại 1.285,5 ha diện tích tự nhiên và 4.379 người.

Trước khi sáp nhập, xã Hải Trạch có diện tích 1,94 km², dân số là 8.961 người, mật độ dân số đạt 4.619 người/km², có 7 thôn: Nội Hải, Nội Hòa, Ngoại Hòa, Thượng Hòa, Trung Hòa, Quốc Lộ, Tân Lý. Xã Phú Trạch có diện tích 12,66 km², dân số là 3.937 người, mật độ dân số đạt 311 người/km², có 11 thôn: Trung Thuận, Bình Thuận, Quý Thuận, Bắc Sơn, Nam Sơn, Đông Duyệt 1, Đông Duyệt 2, Bắc Duyệt, Trung Duyệt, Nam Duyệt, Xóm Cồn.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 862/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Quảng Bình (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2020)[1]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của hai xã Hải Trạch và Phú Trạch thành xã Hải Phú.